Colonoscopie laat de arts toe de binnenzijde van de ganse dikke darm te bekijken. Het onderzoek gebeurt door middel van een soepele buis (colonoscoop).
Doorheen de colonoscoop kunnen andere instrumenten ingebracht worden voor het afnemen van weefselstalen of biopten (voor later onderzoek onder de microscoop) of voor het uitvoeren van behandelingen (wegnemen van poliepen, openmaken van vernauwingen …). Via de colonoscoop kan lucht ingeblazen worden en vocht afgezogen worden om het zicht te verbeteren.