Bij een mammotoombiopsie lig je met je buik op de onderzoekstafel. Het Mammotoom-apparaat staat onder de onderzoekstafel. De borst wordt in het apparaat samengedrukt en precies op de juiste plaats gehouden. Met de computer wordt de exacte plaats en diepste van het letsel berekend. Onder lokale verdoving maakt de radioloog een kleine opening in de huid waardoor de naald wordt ingebracht tot de exact berekende plaats. Met behulp van een zuigsysteem worden meerdere weefselstukjes uit de borst verwijderd. Deze weefselstukjes worden naar de dienst Anatomopathologie gestuurd voor verder onderzoek.
Na het verwijderen van de naald wordt de punctieplaats een tiental minuten afgeduwd om nabloeden te voorkomen. De kleine insnede wordt dichtgekleefd met een steriel stripje of met een speciale wondlijm. Hierop wordt een klein drukverband aangebracht.